При распределении средств с ЕНС существует строгая очередность. Сначала погасится долг и текущие начисления по НДФЛ (так называются начисления только в день срока их уплаты), затем долги и текущие начисления по иным налогам. И только потом очередь дойдет до пеней, процентов, штрафов и предстоящих начислений.
Это направлено на минимизацию затрат налогоплательщиков. Сначала гасятся долги, влекущие наибольшие негативные последствия от неуплаты (новые штрафы и пени) и только потом производные суммы, не влекущие начисление новых долгов (пени и штрафы).
Источник:
Статья 45 Налогового кодекса Российской Федерации